Antik Japonya'nın efsanevi dünyasında geçen oyunda oyuncular ninja savaşçısı Shinobi rolünü üstleniyorlar. Dünyayı Goaku'nun lanetinden kurtarmak için Shinobi'nin 5 temel kılıcı geri alması ve onları kullanan Shogun'ları yenmesi gerekiyor. Shinobi'nin 5 ülkede savaşarak ilerlemesi gizlilik, güç ve mistik sanatlarda ustalık gerektirecektir.
Oyun, Shinobi serisinin üçüncü oyunuyla aynı adı paylaşsa da, önceki oyuna dayanmayan bağımsız bir yan oyundur.