Prototype — En Uygun Fiyat ve Fırsatlar

New York, Manhattan Yarımadası (çok detaylı), günümüz. Kasaba halkı, insanları kana susamış canavarlara dönüştüren bir mutasyonla karşılaşır.

Oyunun kahramanı, görünüşte dikkat çekici olmayan Alex Mercer adında bir genç adamdır. Oyunun başında onun hakkında çok az şey biliyoruz ama yine de kendisi hakkında bildiğinden daha fazlası var; Alex hiçbir şey hatırlamıyor, süper yeteneklere sahip olduğunu bile bilmiyor.

Yetenekler onun için çok faydalı çünkü salgını durdurması ve aynı zamanda ordudan, polisten ve paralı askerlerden saklanması gerekecek.

### Konu Alex, Ghentec'in Manhattan'daki genel merkezinde bulunan morgunda aklını başına toplar. Görünüşe göre uyanmasının nedeni, Blackwatch örgütünün paralı askerlerinin bu karargahın kapılarını kırmaya çalışırken çıkardığı gürültüydü.

Alex saklanmaya, kaçmaya çalışır. Paralı askerler onu durdurmaya çalışır, ancak Alex kendi içinde birer birer inanılmaz yetenekler keşfeder - kurşunlardan zarar görmez, yükseğe zıplayabilir, ağır nesneler fırlatabilir, binaların duvarlarında koşabilir. Ve insanları "özümseyebilir", onların görünüşlerini alabilir ve kendini kaptıran insanların bildiği ve hatırladığı her şey hakkında bilgi edinebilir. Örneğin Blackwatch komutanlarından birinin görevi devralmasının ardından Alex, bir kız kardeşi olduğunu öğrenir.

Alex kız kardeşini bulur ve ondan oyunun başında onunla tanıştığımız şirketin önemli bir çalışanı olduğunu (bu sefer kendini kaptırmadan) öğrenir. Alex'in iş görevleri arasında biyolojik silahlarla çalışmak da vardı.