
Reploid araştırma adasında gizemli bir şeyler oluyor. Reploidler işlevselliğini yitirdi... verileri garip bir şekilde silindi. Şimdi araştırma ekibi, tuhaf yeni bir DNA çipiyle enfekte olmuş "düzensiz" reploidlerle karşılaşıyor. "DNA Soul" olarak bilinen bu garip DNA çipi, yararlı verileri yıkıcı bir Sigma virüsüyle değiştirir ve tüm reploidleri yakın tehlikeye atar. Artık hasarlı adaya gidip DNA Soul virüsünün arkasında kimin olduğunu bulmak Mega Man X ve yoldaşı Zero'ya kalmış.