Grubun gökten düştüğünde topladığı bir kristali ararken Mario ve arkadaşlarını yakaladı ve onlardan kurtulmak ve diğer dört kristali ele geçirmek için onları minyatür boyuta küçültmekten çekinmiyor. Mini kahramanlar, devasa yaratıklarla dolu dev ortamlarda ilerlemek için kristalleri ondan önce bulmalı. Tek oyunculu harekât, her biri bir patronla biten beş farklı ortamda geçiyor. Her zamanki gibi oyuncuların paraları ve yıldızları toplaması ve aynı zamanda Piranha Bitkileri ve Mario evrenindeki diğer klasik yaratıklar gibi tehlikelerden kaçması gerekiyor.