
Tyramus kıtası, Arliel krallığının dört temel kristali sayesinde neredeyse bir yüzyıldır barış içinde yaşadı. Ancak barış, Tyramus'u yönetmek için dört kristali kullanmak isteyen İmparator Grym liderliğindeki Jyn İmparatorluğu'nun işgalci orduları tarafından tehdit edilmektedir. Neyse ki Prenses Iris kristallerden biriyle kaçabilir ve şimdi oyuncunun onu ve kristali koruması ve bir şekilde Jyn sürülerini geri püskürtmenin bir yolunu bulması gerekiyor.
Crystal Warriors'ın oynanışı Shining Force'a oldukça benzer. Oyuncu, tamamı farklı güçlere ve becerilere sahip savaşçılar, şifacılar, korucular ve büyücüler gibi farklı karakterleri kontrol eden sıra tabanlı savaşlarda savaşır. İki birim savaşa girdiğinde, iki tura kadar süren bir düello moduna girerler. Bu modda oyuncu dört komut arasından seçim yapabilir: "savaş" (saldırı), "geri çekilme", "büyü" ve "canavar". İlk üç komut oldukça açıklayıcı olsa da "canavar" komutu ilginçtir. İnsan olmayan bir düşman mağlup edildiğinde evcilleştirilebilir ve savaşlarda kullanılabilir. Çoğu canavarın çok fazla HP'si olmasa da, fiziksel olarak zayıf karakterlere karşı iyi bir saldırgan olarak hizmet edebilir veya efendisini korumak için bazı darbeler alabilirler. Savaşlar arasında oyuncu dinlenmek, silah ve büyü satın almak veya yeni parti üyeleri toplamak için kasabaları ziyaret edebilir.