Dünya'yı Alius Akademisi'nin saldırısından kurtardıktan birkaç ay sonra (Inazuma Eleven 2'de), Mark Evans ve takım arkadaşları Seymour Hillman tarafından Raimon Jr. Lisesi'nde toplanmak üzere çağrılır. Takım okula vardığında, bir zamanlar kendileriyle birlikte mücadele eden Japonya milli futbolcularının tanıdık yüzlerinin yanı sıra yeni yüzleri de görüyorlar; örneğin Alius Akademisi'nden Xavier Foster ve Jordan Greenway. Hillman, Japonya'nın tüm bu en iyi futbolcularını tek bir amaç için bir araya getirdi; “Football Frontier International (FFI)”ya girmek için. Mark Evans'ı Japonya'nın milli takım kaptanı olarak karşılayan ekip, artık dünyanın her yerinden en iyi futbol takımlarına meydan okumak için sabırsızlanıyor!