
Baten Kaitos Origins, ilk Baten Kaitos oyunundan 20 yıl öncesini konu alıyor. Şeytani İmparator Geldoblame'in nasıl iktidara geldiğini anlatıyor ve aynı zamanda ilk başlıktaki kahramanlar hakkında birçok ayrıntıyı da dolduruyor. Ayrıca oyuncular dünyanın kökenlerini ve Kayıp Okyanus'un neden geri döndüğünü öğrenecekler. Sagi adında mavi saçlı bir genç olan kahraman, İmparator'a suikast düzenlemek için gönderildi, ancak işin kendisi için yapıldığını gördü. Ölümden sorumlu tutulan adam, şimdi iki arkadaşıyla birlikte kaçıyor: Guillo adında bir robot ve Milly adında genç bir kadın. İlk aşamalarda, oyuncunun grubu belirli bir yol boyunca bir alandan diğerine hareket ederek doğrusal bir şekilde ilerleyecektir. Oyunu birkaç saat oynadıktan sonra oyuncular, bölgeleri kendi seçtikleri sıraya göre ziyaret etmelerine olanak tanıyan, isteğe bağlı yan görevleri takip etmelerine veya uygun gördükleri şekilde ana görevi tamamlamalarına olanak tanıyan bir gemi edinecekler. Karakterlerin güç ve çeviklik gibi kategorilerde seviye kazandığı geleneksel RPG'lerin aksine, seviye atlamanın çoğu daha iyi Magnus kartları satın alarak gerçekleşir. Baten Kaitos Origins'te 600'den fazla farklı Magnus kartı var ve bunların bazıları gerçekten fantastik özelliklere sahip. Oyuncular kartları takas etmek, satın almak, savaş ganimeti olarak kazanmak veya kendileri oluşturmak gibi birçok farklı yolla elde edebilirler.