
Bahamut Lagoon, RPG mekaniğini takım tabanlı dövüşle birleştiriyor. Karakterler, geleneksel konsol RPG'lerine çok benzeyen HP, MP (savaşçı karakterler için SP), EXP, ekipman, istatistikler ve sınıfa özgü, SP tüketen özel temel yeteneklere sahiptir. Oyuncu, savaş olmadığı zamanlarda çevresini keşfedebilir, insanlarla konuşabilir ve mağazaları ziyaret edebilir, ancak sınırlı bir dereceye kadar dünya haritası olmadığı ve mevcut bölgeyi terk etmenin bir yolu olmadığı için.
Oyunun özü, 2 boyutlu bir ızgarada yapılan sıra tabanlı savaşlardır. Karakterler dörtlü partiler halinde toplanır ve oyuncu en fazla altı partiye izin verir ve bu partilerin sayısı genellikle oldukça fazladır. İki karşıt taraf dönüşümlü olarak hareket eder, böylece her bir taraf bir kez hareket edebilir ve/veya bir turda bir kez saldırabilir. Saldırılar uzak ve yakın dövüş olarak ikiye ayrılır. İlkinde, bir parti, üyelerinden birinin özel bir yeteneğini (örneğin ateş topu atmak, yıldırım atmak, müttefiklerini iyileştirmek gibi) uzaktan kullanır. Hasarın menzili ve olası etki alanı yeteneğe göre değişir. Saldıran tarafın aynı yeteneğe sahip iki veya daha fazla karakteri varsa, etkinliğini artırmak için aksiyona katılırlar. Uzak dövüş daha az para ve genellikle daha az hasarla sonuçlanır, ancak hedef misilleme yapamaz. Uzaktan yapılan saldırılar sahayı da etkileyebilir; yangın ve buz, ormanları tutuşturur veya söndürür ve buzu eritir veya dondurur, vb. Yakın çekimde, iki bitişik karşıt tarafın her birimi bir kez hareket edebilir. Final Fantasy SNES savaşına çok benzer şekilde, bir düşmana saldırabilir, bir öğeyi veya özel bir yeteneği kullanabilir (ancak bunlar birleştirilemez ve çoğu, hepsini yerine yalnızca tek bir hedefi etkiler) veya savunabilir.
Ejderhalar oyuncunun delikteki asıdır. Kendi istatistikleri var ve normal karakterler gibi deneyim kazanıyorlar. Savaşta, her tarafın kendisine bağlı bir ejderhası vardır ve gücünün büyük bir kısmını kendi ejderhasından alır: Bir tarafın ejderhası öldürülürse, grup, haritanın geri kalanında özel saldırıları ve sınıfa özgü yetenekleri kullanma yeteneğini kaybeder. Canavar, ekibinin hareketinden sonra hareket eden çok güçlü, otonom bir birim gibi hareket eder ve çok basit komutlar dışında kontrol edilemez; "Gelmek!" Savaş dışında ejderhalar her şeyi yerler ve onları öğelerle besleyerek büyütmek oyunun önemli bir parçasıdır. Beslenme onların istatistiklerini iyileştirebildiği gibi sahadaki davranışlarını da etkileyebilir ve ejderhalar büyüdükçe yeni formlara dönüşür.
Oyuncu, tarafların her birindeki karakterleri, oluşumlarını ve hangi ejderhanın onları temsil ettiğini istediği zaman değiştirebilir.